ความขัดแย้งทางจริยธรรมเป็นส่วนที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ของงานสายลับ เจ้าหน้าที่มักจะต้องสร้างมิตรภาพและความสัมพันธ์กับผู้ต้องสงสัยซึ่งในที่สุดพวกเขาก็จะถูกหักหลังในห้องพิจารณาคดี ความจำเป็นอย่างต่อเนื่องที่จะเปลี่ยนจากตัวละครอาชญากรไปสู่ตัวตนที่แท้จริงของนายทหารก็อาจทำให้ความสัมพันธ์ในครอบครัวแตกหรือตึงเครียด เมื่อปล่อยไว้เป็นระยะเวลานานเจ้าหน้าที่อาจพบว่าตนเองเต็มใจที่จะลดมุมทางจริยธรรมโดยเฉพาะอย่างยิ่งหากพวกเขาเห็นโอกาสในการทำงานที่ดีขึ้นในอนาคต
ความสัมพันธ์ที่ถูกทรยศ
สำหรับเจ้าหน้าที่สายลับคดีอาคารหมายถึงการสร้างความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับผู้ต้องสงสัยว่าพวกเขาจะทรยศในที่สุด อดีตเจ้าหน้าที่สายลับบิลลี่ควีนต่อสู้กับความเป็นจริงเหล่านี้ในระหว่างการสอบสวนแก๊งมอเตอร์ไซค์ Mongols สองปี "The Washington Post" รายงานเมื่อเดือนตุลาคม 2548 ราชินีไม่มีภาพลวงตาเกี่ยวกับความรุนแรงของชาวมองโกลแม้ว่าเขาจะชอบพวกเขาหลายคน. ความเครียดจากการเล่นกลอารมณ์ที่ขัดแย้งกันเหล่านี้ในที่สุดก็บังคับให้สมเด็จพระราชินีออกจากสำนักสุราแอลกอฮอล์ยาสูบอาวุธปืนและวัตถุระเบิดในสหรัฐอเมริกา
ความเสี่ยงจากการทุจริต
หนึ่งในความขัดแย้งสายลับที่เก่าแก่ที่สุดคือการปลอมตัวอาชญากรโดยไม่ต้องข้ามเส้น พระเยซู Verzosa หัวหน้าตำรวจแห่งชาติฟิลิปปินส์กล่าวเหตุผลในการห้ามใช้สารผิดกฎหมายในระหว่างการสืบสวนเรื่องยาเสพติดเครือข่าย ABS-CBN รายงานในเดือนกุมภาพันธ์ 2009 คำสั่งของหัวหน้าตามรายงานว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจ 221 จาก 25,134 คนล้มเหลวในการทดสอบยา เรื่องอื้อฉาวที่คล้ายกันทำให้เกิดย่านเซาท์บรูคลินในนิวยอร์กซึ่งเจ้าหน้าที่สี่คนถูกจับกุมและอีกหกคนถูกสั่งพักงานเพราะมีข่าวว่ายาเสพติด "นิวยอร์กไทม์ส" ระบุในเดือนมกราคม 2551
ปัญหาเอกลักษณ์
ที่แยกได้จากครอบครัวและเพื่อนเจ้าหน้าที่สายลับพยายามดิ้นรนเพื่อสร้างสมดุลระหว่างตัวตนที่แท้จริงและตัวตนของพวกเขา การทำงานของราชินีต่อต้านชาวมองโกลบังคับให้ย้ายภรรยาเก่าและบุตรชายสองคนของเขาซึ่งไม่รู้ว่ากำลังเกิดอะไรขึ้น "วอชิงตันโพสต์" เจ้าหน้าที่อังกฤษถูกกล่าวหาว่าค้าประเวณีเพื่อขอข้อมูล ศาลอ้างถึงความกังวลเหล่านี้ในการคว่ำบาตรการตัดสินคดีฆาตกรรมของโคลินสแต๊ก "เดอะการ์เดียน" รายงานเมื่อเดือนมกราคม 2554 ผู้พิพากษาตามรายงานว่าตำรวจนอกเครื่องแบบเริ่มมีความสัมพันธ์กับสแต๊กซี่เพื่อรับสารภาพ
สูญเสียความสมบูรณ์
แม้จะมีความเสี่ยงและความเครียดงานสายลับยังคงเป็นข้อเสนอที่น่าดึงดูดสำหรับนักสืบและเจ้าหน้าที่ตำรวจที่กำลังมองหาอาชีพระยะยาว การเดินทางในมหานครนิวยอร์กสามารถรับประกันการเลื่อนตำแหน่งนักสืบใน 18 เดือนแทนที่จะเป็นสามถึงห้าปีรัฐนิวยอร์ก กระบวนการดังกล่าวอาจก่อให้เกิดความคิดมุมตัดที่อาจเป็นอันตรายต่อชื่อเสียงของหน่วยงาน ยกตัวอย่างเช่นในปี 2003 เจ้าหน้าที่ยาเสพติด 30 คนถูกย้ายออกจากบรูคลินเซาท์เนื่องจากถูกกล่าวหาว่าทุบตีค่าใช้จ่ายจำนวน 30,000 เหรียญจากการทำงานล่วงเวลาจากแผนก "New York Times" รายงาน