ประเภทของโครงสร้างองค์กรที่ บริษัท เลือกใช้จะมีผลต่อความสัมพันธ์ของพนักงานบริการลูกค้าและความสัมพันธ์ทางธุรกิจ จุดประสงค์ของโครงสร้างองค์กรแบบอินทรีย์คือให้ความยืดหยุ่นสำหรับการเปลี่ยนแปลงที่พนักงานสามารถริเริ่มได้ โมเดลองค์กรแบบแบนที่ จำกัด จำนวนของลำดับชั้นในองค์กรนั้นถูกสร้างขึ้นโดยคำนึงถึงความคิดความต้องการและข้อเสนอแนะของพนักงานหรือลูกจ้าง ในขณะที่โครงสร้างองค์กรเกษตรอินทรีย์สนับสนุนประชาธิปไตยในที่ทำงาน แต่ก็มีข้อเสียที่ต้องพิจารณา
ไม่มีขอบเขต
สมาชิกขององค์กรกำหนดขอบเขตของโครงสร้างองค์กรแบบอินทรีย์ ซึ่งหมายความว่ากฎขอบเขตและมาตรฐานอาจเปลี่ยนแปลงตลอดเวลาขึ้นอยู่กับอิทธิพลของสมาชิกในทีม สิ่งนี้อาจทำงานได้ดีในบางองค์กร แต่อาจนำไปสู่ความโลภและความเห็นแก่ตัวแทนที่จะเป็นความรับผิดชอบขององค์กร การไม่มีขอบเขตสามารถมีอิทธิพลต่อความสัมพันธ์กับลูกค้าได้หากลูกค้าได้รับคำตอบต่าง ๆ สำหรับคำถามเดียวกัน
แนวทางที่ไม่ก่อผล
เมื่อความเป็นผู้นำให้คำสั่งคำสั่งเหล่านั้นอาจไม่ได้ผลเนื่องจากขาดแรงจูงใจ ตัวอย่างเช่นหากมีการใช้โครงสร้างองค์กรแบบอินทรีย์ในหน่วยงานบังคับใช้กฎหมายท้องถิ่นความต้องการทิศทางเร่งด่วนและทันทีจะไม่เกิดขึ้น ในสถานการณ์นี้จำเป็นต้องมีโครงสร้างองค์กรที่เชื่อถือได้มากขึ้นเมื่อผู้ใต้บังคับบัญชาตอบรับคำสั่งซื้อทันที
ความเป็นผู้นำที่ไม่มีประสิทธิภาพ
หากอำนาจอยู่ในมือของพนักงานก็สามารถนำไปสู่การเป็นผู้นำที่ไม่มีประสิทธิภาพ ตัวอย่างเช่นหากพนักงานคุ้นเคยกับการควบคุมตัวเองและจากนั้นผู้นำพยายามที่จะดำเนินการเปลี่ยนแปลงพนักงานอาจไม่ตอบสนองต่อทิศทางเพราะพวกเขารับรู้ว่าตนเองเป็นผู้นำ ความเป็นผู้นำในโครงสร้างองค์กรเกษตรอินทรีย์จำเป็นต้องกำหนดไว้และมีส่วนร่วมอย่างแข็งขันในกระบวนการตัดสินใจและบังคับใช้นโยบาย โครงสร้างองค์กรแบบออร์แกนิกสามารถกำจัดผู้บริหารระดับสูงออกจากกิจการประจำวันของธุรกิจได้
อุปสรรคการสื่อสาร
โครงสร้างองค์กรแบบอินทรีย์สามารถสร้างกำแพงการสื่อสารระหว่างแผนก เนื่องจากแผนกต่างๆปกครองด้วยตนเองความขัดแย้งจึงเกิดขึ้นได้ง่ายระหว่างสองแผนกที่ไม่เห็นสิ่งต่าง ๆ ในลักษณะเดียวกัน อุปสรรคการสื่อสารอื่นคือการขาดความหมาย หากแต่ละแผนกกำหนดนโยบายที่แตกต่างกันแผนกหนึ่งอาจไม่เข้าใจข้อความที่แผนกอื่นกำลังส่ง
