การบัญชีการจัดการสามารถเป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพสำหรับการวางแผนธุรกิจการพัฒนากลยุทธ์และการตรวจสอบภายใน ในขณะเดียวกันก็มีปัญหาที่อาจเกิดขึ้นได้โดยอาศัยข้อมูลทางบัญชีการจัดการ การใช้บัญชีการจัดการเท่านั้นอาจเป็นอันตรายและนำธุรกิจไปในทิศทางที่ผิด ผู้จัดการต้องตระหนักถึงข้อเสียของการจัดการบัญชีเพื่อให้สามารถประเมินข้อมูลที่ให้ในลักษณะที่สำคัญ ผู้จัดการที่สามารถทำสิ่งนี้จะสามารถใช้ข้อมูลการบัญชีการจัดการร่วมกับข้อมูลอื่น ๆ เพื่อการตัดสินใจทางธุรกิจที่มีข้อมูล
ขาดมาตรฐาน
การบัญชีการเงินมีมาตรฐานสูงโดยนักบัญชีการเงินใช้แนวทางเช่นหลักการบัญชีที่รับรองทั่วไป (GAAP) ในทางตรงกันข้ามกับบัญชีการจัดการไม่มีชุดของขั้นตอนมาตรฐาน นักบัญชีการจัดการสามารถออกแบบระบบและตัวชี้วัดของเธอเองเพื่อประเมินการเงินขององค์กร ข้อเสียของเรื่องนี้ก็คือวิธีการของนักบัญชีคนหนึ่งอาจแตกต่างจากวิธีของคนอื่นอย่างมาก สิ่งนี้อาจส่งผลให้เกิดความไม่สอดคล้องกันในการวัดมาตรฐานและการประเมินทางการเงิน นอกจากนี้ยังต้องการให้นักบัญชีมีความรู้มากขึ้นและสามารถตีความระบบบัญชีที่ผู้อื่นพัฒนาขึ้น
เน้นข้อมูลเชิงปริมาณมากเกินไป
ข้อมูลเชิงปริมาณมีประโยชน์ในการตัดสินใจทางธุรกิจ อย่างไรก็ตามการบัญชีการจัดการมุ่งเน้นไปที่มาตรการเชิงปริมาณและไม่สนใจปัจจัยที่ไม่สามารถวัดได้ในสกุลเงินดอลลาร์และเซนต์ ตัวอย่างเช่นอาจมีเหตุผลด้านการเงินที่จะย้ายโรงงานผลิตไปยังภูมิภาคที่มีต้นทุนค่าจ้างที่ต่ำกว่า การบัญชีการจัดการสามารถคำนวณการประหยัดค่าจ้างและการเพิ่มขึ้นของต้นทุนที่อาจเกิดขึ้น (ตัวอย่างเช่นค่าขนส่งหรืออากรขาเข้า) บัญชีการจัดการไม่สามารถอย่างไรก็ตามปัจจัยในสิ่งต่าง ๆ เช่นการออมที่เกี่ยวข้องกับความปรารถนาดีของสมาชิกชุมชนในภูมิภาคหรือปัญหาการประชาสัมพันธ์ที่อาจเกิดขึ้นจากการตัดสินใจ การบัญชีการจัดการมีเหตุผลมาก แต่บางครั้งการมีเหตุผลทั้งหมดอาจเป็นข้อเสีย
ความส่วนตัว
การบัญชีการจัดการช่วยให้ผู้อยู่ในความสนใจเป็นจำนวนมากเมื่อสร้างตัวชี้วัดและวิธีการวัดประสิทธิภาพ นี่เป็นปัญหาเนื่องจากความเชื่อและอคติส่วนตัวของนักบัญชีสามารถส่งผลกระทบต่อวิธีการวัดประสิทธิภาพ ตัวอย่างเช่นหากจำเป็นต้องมีบัญชีการจัดการเพื่อวัดประสิทธิภาพของคนงานเธออาจมุ่งเน้นเฉพาะผลลัพธ์และไม่คำนึงถึงปัจจัยการผลิตของพนักงานที่สามารถมีผลกระทบอย่างลึกซึ้งต่อผลผลิตโดยรวม ส่งผลกระทบต่อทั้ง บริษัท และพนักงาน บริษัท ได้รับผลกระทบเนื่องจากข้อมูลที่ใช้อาจไม่ดีที่สุดและพนักงานอาจได้รับผลกระทบหากพวกเขารู้สึกว่าไม่ได้รับการประเมินอย่างเป็นธรรม
