กระบวนการรีไซเคิลกระดาษในขณะที่ใช้สารเคมีน้อยลงและก่อให้เกิดมลพิษน้อยกว่ากระดาษบริสุทธิ์ยังคงส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม กระดาษรีไซเคิลไม่เหมือนกันทั้งหมด กระดาษรีไซเคิลส่วนใหญ่มีส่วนผสมของเยื่อกระดาษบริสุทธิ์และเยื่อกระดาษรีไซเคิลเพื่อเสริมสร้างเส้นใยที่เสื่อมสภาพ ยิ่งปริมาณเยื่อกระดาษรีไซเคิลมากขึ้นเท่าใดสารเคมีในการฟอกขาวก็ยิ่งน้อยลงเท่านั้น โรงงานรีไซเคิลบางแห่งใช้กระบวนการและสารเคมีเดียวกันและบางโรงงานก็เป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อมมากกว่าโรงงานอื่น
ลดแรงตึงผิว
สารลดแรงตึงผิวประเภทต่าง ๆ ถูกนำมาใช้ในกระบวนการกำจัดหมึก บางชนิดมีพิษในขณะที่บางชนิดมีน้ำตาลหรือโปรตีน นักวิทยาศาสตร์ยังพัฒนากระบวนการทางกลและเอนไซม์เพื่อกำจัดหมึกที่ปลอดสารเคมี
ไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์
เป็นสารฟอกขาวที่เป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อมที่ใช้เป็นทางเลือกให้กับคลอรีน
โซเดียมไฮโดรซัลไฟต์
นอกจากนี้ยังใช้เพื่อลดสีในเยื่อกระดาษรีไซเคิล มันผลิตโซเดียมไบซัลไฟต์ที่ค่อนข้างอ่อนโยน
คลอรีน
ก๊าซคลอรีนและไฮโปคลอไรต์มักถูกใช้เพื่อฟอกเยื่อกระดาษบริสุทธิ์ แต่สามารถนำมาใช้ในกระดาษรีไซเคิลได้เช่นกัน คลอรีนผลิตไดออกซินซึ่งเป็นสารเคมีที่เป็นพิษสารก่อมะเร็งที่ทำให้มันเข้าไปในอากาศและน้ำ
ปราศจากคลอรีนในกระบวนการ
PCF หรือ“ Process Chlorine Free” เป็นคำที่ใช้สำหรับกระดาษรีไซเคิลที่ไม่ใช้คลอรีนในกระบวนการฟอกสี