ธุรกิจจำนวนมากใช้ซอฟต์แวร์บัญชีเพื่อช่วยงานบัญชีตามปกติโดยอัตโนมัติเพื่อสร้างการควบคุมและการสร้างรายงานทางการเงิน ด้วยแพคเกจซอฟต์แวร์บัญชีที่หลากหลายในตลาดมักจะมีแพ็คเกจที่ตรงกับความต้องการส่วนใหญ่ของธุรกิจไม่ว่าจะเป็น บริษัท ขนาดใหญ่หรือเป็นเจ้าของ แต่เพียงผู้เดียว ในขณะที่ซอฟต์แวร์บัญชีสามารถประหยัดเวลาและช่วยรักษาข้อมูลได้ แต่ก็มีข้อเสียของการใช้ซอฟต์แวร์บัญชี
การสูญเสียข้อมูลหรือบริการ
เมื่อธุรกิจพึ่งพาซอฟต์แวร์บัญชีการสูญเสียบริการใด ๆ เนื่องจากไฟฟ้าดับหรือคอมพิวเตอร์อาจทำให้งานหยุดชะงัก การหยุดชะงักของงานสามารถป้องกันการป้อนข้อมูลใหม่รวมถึงป้องกันการเข้าถึงข้อมูลที่เก็บไว้ นอกจากนี้หากข้อมูลไม่ได้รับการสำรองอย่างเหมาะสมคอมพิวเตอร์จะดับอาจทำให้ข้อมูลทางการเงินสูญหาย
ข้อมูลไม่ถูกต้อง
ข้อมูลในระบบบัญชีนั้นมีความถูกต้องเช่นเดียวกับข้อมูลที่ใส่ลงในระบบ เนื่องจากระบบบัญชีส่วนใหญ่ต้องการป้อนข้อมูลด้วยตนเองผลลัพธ์ทางการเงินอาจไม่ถูกต้องเว้นแต่ว่ามีการตรวจสอบข้อมูลอินพุตทั้งหมด หากมีแนวโน้มที่จะตรวจสอบรายงานหรือผลลัพธ์สุดท้ายของระบบบัญชีเท่านั้นอาจเป็นเรื่องยากที่จะค้นหาข้อมูลที่ผิดพลาด
การกำหนดค่าระบบ
ทุกธุรกิจมีลักษณะเฉพาะที่อาจทำให้เกิดปัญหาเมื่อพยายามปรับแต่งซอฟต์แวร์บัญชีทั่วไปตามความต้องการ ในขณะที่การปรับแต่งนั้นมีให้สำหรับหลาย ๆ โปรแกรมมันอาจทำให้เกิดการหยุดทำงานและความไม่ถูกต้องที่อาจเกิดขึ้นหากทำไม่ถูกต้อง เมื่อธุรกิจเติบโตขึ้นอาจจำเป็นต้องเปลี่ยนแพ็คเกจซอฟต์แวร์บัญชี สิ่งนี้อาจทำให้เกิดการหยุดชะงักขนาดใหญ่เนื่องจากข้อมูลจะต้องถูกโยกย้ายและการฝึกอบรมใหม่ที่จำเป็นสำหรับบุคลากร
ราคา
ข้อเสียของซอฟต์แวร์บัญชีคือค่าใช้จ่ายที่เกี่ยวข้อง นอกเหนือจากค่าใช้จ่ายเริ่มต้นในการซื้อซอฟต์แวร์มีค่าใช้จ่ายในการบำรุงรักษาการปรับแต่งการฝึกอบรมและฮาร์ดแวร์คอมพิวเตอร์ ในขณะที่การประหยัดเวลาอาจปรับต้นทุนให้เหมาะสมสำหรับบางธุรกิจอาจต้องใช้เวลาหลายปีกว่าที่การลงทุนซอฟต์แวร์บัญชีจะจ่ายเอง
การหลอกลวง
ข้อมูลที่จัดเก็บทางอิเล็กทรอนิกส์สามารถจัดการและเข้าถึงได้หากไม่มีการควบคุมและมาตรการรักษาความปลอดภัยที่เหมาะสม จำเป็นต้องมีการควบคุมอย่างเข้มงวดเพื่อให้แน่ใจว่าเฉพาะผู้ที่ได้รับอนุญาตเท่านั้นที่ใช้ซอฟต์แวร์บัญชีและเข้าถึงรายงานได้ เนื่องจากข้อมูลทางการเงินอาจมีความอ่อนไหวและเป็นความลับการใช้ซอฟต์แวร์บัญชีจะสร้างโอกาสในการฉ้อโกง
